发明专利在实质审查过程中，审查员基本上都要采用审查意见通知书的方式将实质审查意见告知申请人，申请人需要在规定的时间内，根据审查意见通知书内容做出令人信服的意见陈述书，必要时还需要对原始申请文件进行修改。
原始申请文件的修改以及意见陈述书的撰写一般必须具有足够的说服力，这样才能缩短专利的实质审查程序，争取早日授权。
审查员的审查意见，可能涉及到专利文件的形式问题，也可能涉及到专利文件的实质问题，而其中涉及更多的是关于本专利的新颖性及创造性性的问题。
发明专利第一次审查意见的答复期限为四个月，之后的审查意见的答复期限为两个月；超过期限没有答复，则该专利申请会被视为撤回；经过答复克服了审查员所指出的缺陷，则会下发授权通知书，否则会下发驳回通知书。

对于审查意见通知书，申请人应当采用专利局规定的意见陈述书或补正书的方式，在指定的期限内作出答复。
申请人未委托专利代理机构的，其提交的意见陈述书或者补正书，应当有申请人的签字或者盖章;申请人是单位的，应当加盖公章;申请人有两个以上的，可以由其代表人签字或者盖章。
申请人委托了专利代理机构的，其答复应当由其所委托的专利代理机构盖章，并由委托书中指定的专利代理人签字或者盖章。专利代理人变更之后，由变更后的专利代理人签字或者盖章。

1、申请人的答复可以仅仅是意见陈述书，也可以进一步包括经修改的申请文件(替换页和/或补正书)；
2、申请人在其答复中对审查意见通知书中的审查意见提出反对意见或者对申请文件进行修改时，应当在其意见陈述书中详细陈述其具体意见，或者对修改内容是否符合相关规定以及如何克服原申请文件存在的缺陷予以说明；
3、申请人可以请求专利局延长指定的答复期限。但是，延长期限的请求应当在期限届满前提出；
4、专利局收到申请人的答复之后即可以开始后续的审查程序，如果后续审查程序的通知书或者决定已经发出，对于此后在原答复期限内申请人再次提交的答复，审查员不予考虑。